Корни истории Бернского университета уходят корнями в шестнадцатый век, когда, вследствие Реформации, возникла необходимость обучения новых священников. В качестве части реорганизации системы высшего образования, правительство Берна трансформировало существовавший в то время в городе теологический колледж в академию, в которой было четыре факультета, то есть с 1805 года стало возможным изучать в стенах этого образовательного учреждения не только богословие, но также и юриспруденцию и медицину.

В девятнадцатом веке, на волне своеобразного противостояния между либерализмом и консерватизмом, контроль над Бернским кантоном перешел либералам, которые реорганизовали академию, которая в 1834 году стала университетом. Преподавательский состав новоявленного университета составлял сорок пять человек, а студентов в нем обучались почти сто семьдесят.

К началу двадцатого века в Бернском университете обучалась уже тысяча студентов, потому он стал самым крупным университетом Швейцарии. Именно такие стремительные темпы развития обеспечили интерес к Бернскому университету со стороны иностранных студентов, в первую очередь, немецких и российских, которые, к слову сказать, составляли почти половину общего числа обучающихся. Необходимо заметить, что русские студентки отстояли в 1870 году право женщин на обучение в данном университете. Бернский университет расширялся по мере процветания города. В 1903 году было возведено новое здание университета.

Настоящим событием в истории Бернского университета было появление в его преподавательском составе, пусть и не на долгое время, таких выдающихся личностей, как Эйнштейн и Тумаркин. Все это случилось в начале двадцатого века, а в последующие годы университет укрепил свою позицию как небольшого центра высшего образования, в котором стабильно обучались две тысячи студентов. После Второй мировой войны университет продолжил развиваться, а количество студентов достигло уже пяти тысяч. В середине девяностых университет получил независимость от кантона, причем в соответствующем документе были четко прописаны их обязанности. В настоящее время в Бернском университете обучается десять тысяч студентов со всего мира по ссылке.